El nacimiento de la comunidad religiosa de los Hospitalarios de San Juan se remonta al año 1048, en Tierra Santa. Mercaderes de la antigua república marinera de Amalfi obtienen del Califa de Egipto el permiso para construir en Jerusalén una iglesia, un convento y un hospital dedicado a San Juan Bautista para asistir a los peregrinos.
Bajo la dirección del Beato Gerardo, fundador y primer Gran Maestre, la comunidad religiosa se transforma en una orden religiosa laica. Con la bula del 15 de febrero de 1113, el Papa Pascual II reconoce a la Orden de San Juan y la pone bajo la protección de la Santa Sede, concediéndole el derecho de elegir libremente a sus superiores, sin interferencia de otras autoridades laicas o religiosas.

El Beato Frey Raymond du Puy sucede al Beato Frey Gerardo a la cabeza de la Orden, y entre 1145 y 1153 redacta la primera Regla para los miembros de la Orden: todos los hermanos deben ser religiosos, ligados por los tres votos monásticos de pobreza, castidad y obediencia, y dedicarse a la asistencia a los pobres y los enfermos.

La constitución del reino de Jerusalén obliga a la Orden a asumir la defensa militar de los enfermos y los peregrinos, y a proteger sus centros médicos y las principales vías de comunicación. A la misión hospitalaria se suma pues la defensa de la fe. La Orden adopta la cruz octagonal blanca que sigue siendo, hoy en día, su símbolo.