Pasaportes diplomáticos
En total, hay en circulación unos 500 pasaportes diplomáticos de la Soberana y Militar Orden de Malta.

Los pasaportes diplomáticos de la Soberana y Militar Orden de Malta se conceden exclusivamente al Gran Maestre y a los miembros del Soberano Consejo, a los jefes y miembros de sus misiones diplomáticas (así como a su consorte e hijos menores), a los Grandes Priores y a los presidentes de sus asociaciones nacionales. Además, se conceden pasaportes diplomáticos a personalidades de alto nivel encargadas de misiones especiales o a personas que ocupan altos cargos en el Gran Magisterio de la Orden de Malta.

La validez del pasaporte está vinculada a la duración del mandato y, en cualquier caso, finaliza al término del mismo.

Pasaportes de servicio
La Soberana y Militar Orden de Malta también expide un segundo tipo de pasaporte, los denominados pasaportes de servicio. Se conceden al personal humanitario de la Orden de Malta y a los funcionarios que trabajan en zonas de peligro. Actualmente están en circulación unos 50 pasaportes de este tipo.

Desde 2005, los pasaportes diplomáticos y de servicio de la Soberana y Militar Orden de Malta incluyen datos biométricos y cumplen las normas de la Organización de Aviación Civil Internacional (OACI).