Órganos de Gobierno
Consejo Pleno de Estado
Se reúne para la elección del Gran Maestre y del Lugarteniente del Gran Maestre
Tienen derecho de voto el Gran Maestre o el Lugarteniente del Gran Maestre, los miembros del Soberano Consejo, el Prelado, los Priores, los Bailíos profesos, dos Caballeros profesos por cada Priorato, los Subpriores o Regentes de los Subprioratos, quince representantes de los presidentes de las asociaciones nacionales, y los delegados elegidos por las asambleas de los Prioratos, Subprioratos y asociaciones en número proporcional a los miembros. El Gran Maestre o Lugarteniente del Gran Maestre se elige a partir de una lista vinculante de tres candidatos, propuesta por el Capítulo de Profesos. Para la elección se requiere la presencia de la mayoría absoluta de las personas con derecho a voto. Resulta elegido quien obtiene el voto de la mayoría absoluta de los presentes.
Capítulo General
Órgano supremo de gobierno de la Orden
Está compuesto por representantes de las tres Clases; el Gran Maestre lo convoca cada seis años.
El Capítulo General tiene la misión de velar por el carisma de la Orden y actualizarlo, informándose de las cuestiones más importantes de la Orden y estudiándolas. Planifica las actividades, supervisa el patrimonio de la Orden y dirige las relaciones internacionales. Elige a los titulares de los cuatro altos cargos (Gran Comendador, Gran Canciller, Gran Hospitalario y Recibidor del Común Tesoro) y a cuatro de los nueve consejeros del Soberano Consejo. Elige también a los siete miembros del Tribunal de Cuentas. Puede modificar la Carta Constitucional y el Código.
Soberano Consejo
Asiste al Gran Maestre (o Lugarteniente del Gran Maestre) en el gobierno de la Orden
Está presidido por el Gran Maestre (o Lugarteniente del Gran Maestre). Adopta disposiciones legislativas no recogidas en la Constitución y el Código; delibera sobre los procedimientos administrativos extraordinarios; aprueba la admisión de nuevos miembros y confirma la elección de los Capítulos de los Prioratos, Subprioratos y consejos de las asociaciones nacionales. Delibera sobre el nombramiento de los presidentes, jueces y secretarios de los Tribunales Magistrales; estudia la convocatoria del Capítulo General y su orden del día. Concede ascensos y condecoraciones. Forman parte de él los titulares de los cuatro altos cargos (Gran Comendador, Gran Canciller, Gran Hospitalario y Recibidor del Común Tesoro) y nueve consejeros (cinco elegidos por el Capítulo de Profesos y cuatro elegidos por el Capítulo General). Convocado por el Gran Maestre, se reúne en la sede de la Orden al menos seis veces al año y cuando lo requieran circunstancias especiales. Para que las deliberaciones se consideren válidas se requiere la presencia del Gran Maestre y de la mayoría absoluta de los miembros.
Capítulo de Profesos
Se reúne de manera ordinaria antes del Capítulo General y del Consejo Pleno de Estado, y de manera extraordinaria cuando el Gran Maestre, oído el Consejo de Profesos, lo considera necesario. Está compuesto por los Caballeros y los capellanes profesos con votos solemnes. Tiene competencia exclusiva en asuntos relativos a la Primera Clase. Elabora la lista vinculante de tres candidatos para la elección del Gran Maestre, que se presenta al Consejo Pleno de Estado, y la lista vinculante para la elección de los cuatro altos cargos que se presenta al Capítulo General. Elige a los cinco consejeros del Consejo de Profesos, que también forman parte del Soberano Consejo. Elige a los delegados de los Caballeros profesos y de los capellanes profesos que asisten al Capítulo General.
Consejo de Profesos
Asiste al Gran Maestre en la atención espiritual de la Orden y en el gobierno de la Primera y Segunda Clases
Está presidido por el Gran Maestre (o Lugarteniente del Gran Maestre). Forman parte de él el Gran Comendador y cinco consejeros elegidos por el Capítulo de Profesos. Se reúne en la sede de la Orden al menos seis veces al año y cuando lo requieran circunstancias especiales. Para que las deliberaciones se consideren válidas se requiere la presencia del Gran Maestre, del Gran Comendador y de la mayoría absoluta de los miembros.
Tribunal de Cuentas
Supervisa y controla los ingresos, los gastos y la correcta administración del patrimonio de la Orden
Está compuesto por un presidente y seis consejeros, elegidos por el Capítulo General para un mandato de seis años. Se eligen entre los miembros de la Orden de Malta con experiencia en el ámbito jurídico, económico y financiero. Vigila el cumplimiento de los presupuestos, audita la contabilidad y supervisa y controla la gestión del patrimonio de las entidades melitenses. Cuenta con el apoyo de empresas de auditoría externas. Actúa como órgano consultivo del Gran Canciller y del Recibidor del Común Tesoro.
Consejo de las Comunicaciones
Supervisa la comunicación interna y externa de la Orden
Está presidido por el Gran Maestre y compuesto por un vicepresidente y seis consejeros, elegidos entre los miembros de la Orden con experiencia en los ámbitos de la comunicación, la administración, las relaciones públicas y los medios de comunicación. Son nombrados por el Gran Maestre y permanecen en el cargo cuatro años.
Consejo Jurídico
Órgano colegiado de asesoramiento técnico
Podrá ser consultado sobre cuestiones jurídicas y asuntos de especial importancia, por el Gran Maestre o al menos tres miembros del Soberano Consejo o del Capítulo de Profesos. Se reúne en la sede de la Orden y está compuesto por un presidente, un vicepresidente, un secretario general y el Abogado General del Estado. Estos cargos son nombrados por el Gran Maestre, previa consulta con el Soberano Consejo, preferentemente entre personas que ya forman parte de la Orden; se eligen entre expertos en materia jurídica, en particular derecho melitense, derecho público e internacional y derecho canónico. Su mandato dura tres años.
Tribunales Magistrales
Son competentes para juzgar los litigios que surjan en el seno de la Orden de Malta
El Tribunal de Primera Instancia y el Tribunal de Apelación componen los Tribunales Magistrales. Los presidentes, jueces y secretarios son nombrados por el Gran Maestre, previa deliberación del Soberano Consejo, de entre los miembros de la Orden con especial experiencia en derecho. Su mandato dura tres años. Se reúnen en la sede de la Orden de Malta.
Su jurisdicción incluye: recursos contra medidas disciplinarias tomadas contra miembros de la Segunda y Tercera Clases; recursos contra actos administrativos emitidos por las autoridades melitenses; recursos contra decisiones relativas a la admisión en la Segunda y Tercera Clases; litigios laborales; litigios entre miembros de la Orden de Malta como tales.
Los Tribunales pueden además, a petición escrita de Estados u organismos de derecho internacional, asumir las funciones de árbitro en litigios internacionales.
Abogacía del Estado
Está compuesta por el Abogado General del Estado, nombrado para un mandato de tres años por el Gran Maestre, con la aprobación del Soberano Consejo, que puede ser asistido por otros abogados. Los órganos de la Orden de Malta pueden solicitar el asesoramiento y la asistencia del Abogado General siempre que lo consideren necesario y en casos que impliquen cuestiones jurídicas complejas. Asume la abogacía y la defensa de la Orden ante los tribunales eclesiásticos y civiles.