Punto de referencia cultural e identidad de la Soberana y Militar Orden de Malta en la edad moderna.

Los Archivos Magistrales, a quienes corresponde la conservación y valorización de los actos y los documentos del gobierno de la Orden de Malta, se fundaron en la segunda mitad del siglo XIX, cuando el Palacio Magistral se convirtió en la residencia oficial del Gran Maestre. En ese momento, a los documentos del periodo maltés y al fondo documental diplomático, herencia de la embajada ante la Santa Sede, se añadieron los documentos de las incipientes oficinas del Gran Magisterio y el archivo del Gran Priorato de Roma. Un primer inventario, realizado a mediados de los años 50, clasificó el patrimonio documental en series, identificadas mediante un rudimentario sistema alfanumérico similar al utilizado originalmente en la Biblioteca.

Allí se conservan los documentos de cinco instituciones diferentes: la embajada ante la Santa Sede, institución periférica cuyos documentos se remontan a la primera mitad del siglo XVI; el Gran Priorato de Roma, cuyo archivo, del siglo XVI también, se encuentra en el Palacio desde finales del siglo XVII; la Ricetta di Roma, organismo de administración de los bienes y territorios dependientes del Priorato; el Convento central, cuya documentación «itinerante» siguió el devenir de los Caballeros a partir de 1798; y la Lingua d’Italia, órgano central de depósito de los Prioratos italianos, del cual se conservan pocos ejemplares.

La Biblioteca Magistral desempeña, por su parte, el papel de biblioteca central de la Orden de Malta, y conserva una de las más completas colecciones del mundo de libros y artículos sobre la Orden. Nacida en la segunda mitad del siglo XIX a partir de un núcleo de libros donados por algunos de sus miembros, desde entonces conserva y divulga su patrimonio bibliotecario en todo el mundo.

Además de la Colección de Malta (aproximadamente 5.800 piezas entre libros y artículos) y la Colección General (aproximadamente 4.200 volúmenes), la Biblioteca Magistral conserva 208 manuscritos y numerosos autógrafos, varios incunables – entre ellos Obsidionis Rhodiae Urbis descriptio, de Guillaume Caoursin (1496) – ocho colecciones privadas, publicaciones periódicas, sellos, mapas geográficos y una interesante colección de fotografías.